基因组所抗癌药物分子机制研究获希望
克日，永利集团雷红星研究组开展的“抗癌药物的分子机制研究”取得阶段性希望，其研究论文《Early stage intercalation of doxorubicin to DNA fragments observed in molecular dynamics binding simulations》，于2012年6月在《Journal of Molecular Graphics and Modelling》杂志揭晓 。该文接纳分子动力学的要领研究了阿霉素分子从自由状态到嵌入DNA碱基片断的动态历程，提出了一个新的药物分子插入机制（翻开-插入机制），即插入历程是经外部团结后陪同着碱基对的翻开（base-flipping）举行的，这一新机制的提出关于抗癌药物分子机制研究起到了起劲的推行动用，为设计更有用的抗癌药物提供了理论依据 。
阿霉素是一种临床上普遍使用的抗癌药物，它能有用治疗急性白血病，胃癌，肝癌等多种恶性肿瘤疾病 。现在以为其作用机制是通过嵌入癌细胞的DNA碱基片断中，阻碍DNA的转录和复制，从而抑制肿瘤生长 。但详细嵌入历程和分子机制还不是十分清晰 。
为此，基因组所雷红星研究员及其科研团队，从未团结的自由态（一段B型DNA片断和连个自有的阿霉素分子）出发举行了全原子的分子动力学模拟 。整个模拟历程验证了力场的可靠性，并以较高的空间和时间区分率描绘出了团结历程中的结构和能量的动态转变纪律 。从模拟历程的轨迹中研究职员视察到阿霉素分子与DNA团结的三种模式，包括一端团结、DNA小沟团结以及碱基之间团结 。其中，团结到DNA小沟中是到最终插入状态的一其中心态，即“外部团结态”；团结到碱基之间要履历碱基对被翻开（base-flipping）的历程 。这种翻开-插入的机制与之条件出的碱基对之间距离拉开再嵌入的机制有很大差别 。拉开-插入机制需要使碱基对之间爆发较大空间才可使药物分子插入，而翻开-插入机制却不需要 。
论文链接：http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1093326312000678?v=s5
图：d(CGATCG)2序列插入轨迹的代表结构
