北京基因组所（国家生物信息中心）宣布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
克日，永利集团（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库（CancerSCEM）正式上线 。该研究效果以“CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers”为题在国际学术期刊Nucleic Acid Research 在线揭晓 。
单细胞区分率的全转录组测序手艺（scRNA-seq）具有研究细胞异质性的显著优势，已成为研究肿瘤微情形、癌症发病机制、转移与侵袭以及种种癌症治疗与诊断不可或缺的手段 。阻止2021年11月，PubMed已有凌驾1300个癌症相关的单细胞转录组学研究，极大提升了我们对人类癌症爆发生长的明确，推动了癌症临床诊断与治疗的历程 。大规模癌症scRNA-seq数据在已往十年中泛起爆炸式增添，迫切需要对这些数据举行规范化整合与处置惩罚，对种种癌症的肿瘤微情形举行深入挖掘与较量剖析 。为应对这一需求，国家基因组科学数据中心研究团队开发了CancerSCEM数据库 。
CancerSCEM 1.0版本整合剖析了208个癌症scRNA-seq数据集，涵盖肺腺癌（LUAD）、结肠直肠癌（CRC）、恶性胶质瘤（GBM）等在内的20种人类癌症类型 。通过标准化剖析流程处置惩罚，获得了准确的细胞类型注释信息 。在此基础上，团队还开展了一系列附加剖析，包括差别细胞类型间基因差别表达剖析（可为新型标记物筛选提供参考）、细胞外貌受体-配体基因对表达谱、样本内细胞互作网络构建等，可为用户提供越发富厚的肿瘤微情形相关信息，并开展了基于TCGA表达数据与临床信息的生涯剖析 。
数据库为用户提供浏览、多重检索、在线剖析及下载等效劳功效，用户可接纳首页的快速检索、词云及准确检索等途径盘问感兴趣的癌症单细胞数据集或样本 。如点击词云里的基因名“HLA-A”或通过搜索框输入，均可触发数据库盘问功效，并实时获得目的基因的详细信息及其在单细胞层面与细胞群体（组织）层面的表达漫衍信息 。为利便临床相关用户的使用，团队共审编获得36个常用免疫检查点分子（如PDCD1、CTLA4、LAG3、HMGB1等）并提供专门的搜索列表，以资助种种癌症的临床免疫治疗研究寻找更优的治疗靶点 。
数据库还配备了一个交互式综合在线剖析平台，共集成2个剖析�？橛�7个剖析功效 。通过基因剖析�？�，用户可开展四个方面的实时剖析及可视化展示：1）样本内目的基因的整体表达概况；2）样本内基因在差别细胞类型间的表达较量；3）基因表达相关性盘算及筛� �；4）208样本中单细胞或bulk层面的基因表达较量 。通过样天职析�？�，用户可举行1）样本间细胞组成较量；2）样本内细胞互作网络构建以及3）基于TCGA的生涯剖析 。该剖析平台将为用户开展个性化的癌症scRNA-seq数据挖掘提供友好的增值效劳 。
永利集团（国家生物信息中心）助理研究员曾瀞瑶、特殊研究助理张亚东及硕士研究生尚云飞为本事情配合第一作者，肖景发研究员为通讯作者 。本事情获得中科院战略性先导科技专项、国家自然科学基金、国家重点研发妄想等项目资助 。
CancerSCEM数据库在线剖析平台的7个剖析功效展示
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