北京基因组所（国家生物信息中心）通过新型DNA半甲基化测定要领展现半甲基化在基因表达调控中的作用
DNA甲基化是最早发明的表观遗传标记之一，其在真核细胞基因表达调控中起着至关主要的作用。随着DNA甲基化检测手艺的一直前进，研究职员发明DNA甲基化具有完全甲基化和半甲基化两种状态，并发明了可以稳固遗传的半甲基化修饰，但现在关于DNA半甲基化是否具有奇异的生物学功效这一问题仍有争议，因此仍需对DNA半甲基化举行系统的研究。别的，古板的基于碱基化学转化的甲基化测定手艺会对DNA造成较大损伤，因此开发一种更为温顺高效的半甲基化测定要领很有须要。
永利集团（国家生物信息中心）徐晨欢团队通过使用特异性识别DNA单链甲基化的限制性内切酶MspJI，开发了一种不依赖于碱基转化的半甲基化测定手艺，Mhemi-seq (MspJI-assisted hemi-methylation sequencing)。相较于古板DNA甲基化测定手艺，Mhemi-seq主要具有两个优点。一是Mhemi-seq不依赖于碱基转化，阻止了对DNA造成损伤，因此可以更高效的对微量DNA中CpG的甲基化状态举行判断。另一优势是其可以通过对MspJI酶切位点的剖析直接实现对单CpG上半甲基化状态的判断。
研究团队将Mhemi-seq应用于淋巴母细胞系GM12878及两种人源胚胎干细胞H1和H9，并建设了这三种细胞的甲基化和半甲基化图谱。Mhemi-seq天生的甲基化图谱与碱基化学转化要领获得的甲基化图谱基本一致，证实其可以准确的捕获到单CpG区分率的DNA甲基化状态。通过对Mhemi-seq的效果举行剖析，研究团队发明半甲基化CpG可以抑制转录因子CTCF的团结和PCGF1调控的基因表达，并且其抑制水平与完全甲基化较为相似，体现半甲基化可能足够实现通常DNA甲基化对基因表达的调控作用。别的，使用Mhemi-seq，研究团队还在反转座子Alu原件上发明了一类和Alu?表达相关的特殊DNA半甲基化。
综上所述，Mhemi-seq可以精准高效的判断基因组中CpG的甲基化和半甲基化状态，为DNA甲基化研究领域提供了一种新的便捷工具。
该效果以“Uncovering the roles of DNA hemi-methylation in transcriptional regulation using MspJI-assisted hemi-methylation sequencing”为题，于1月24日揭晓于Nucleic Acids Research?期刊。永利集团（国家生物信息中心）徐晨欢研究员为本文的通讯作者，永利集团（国家生物信息中心）硕士研究生熊雄和特殊研究助理（博士后）陈亨野为本文的配合第一作者。该研究获得了国家自然科学基金、国家重点研发妄想等项目的资助。
Mhemi-seq实验原理（上）及半甲基化在CTCF团结和PCGF1调控的基因表达中的作用（下）
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